Zagadnienie pomocy publicznej to jedna z najbardziej problematycznych kwestii, z którą zmierzą się wnioskodawcy w nowym okresie programowania. Szczególne znaczenie ma to zagadnienie dla przedsiębiorców. Sfinansowanie projektu niezgodnie z zasadami przyznawania pomocy publicznej będzie skutkować dla nich koniecznością zwrotu otrzymanej dotacji bez względu na właściwą realizację projektu. Niema tu znaczenia popełnienie błędu przez instytucję ogłaszającą konkurs. Konsekwencje niewłaściwego stosowania zasad poniesie przedsiębiorca.